デュクリュ・ボーカイユーの歴史は、18世紀にまで遡る。

1720年、初代オーナーであったベルジェロン氏からデュクリュ家がシャトーを受け継いだ。その後、デュクリュ家は結婚を通じて、ボルドーの議会長などを輩出していたラヴェーズ家とも繋がりを持つことになる。

シャトー・デュクリュ・ボーカイユーは、デュクリュ家の下で健全な管理が続けられ、1855年の格付けでは2級を獲得することになった。

その後、デュクリュ家は、ブドウ畑をダッシエー夫人に売却する。ダッシエー夫人は1866年にジョンストン家のナタニエルと結婚し、シャトーはジョンストン家の所有となる。ジョンストン家は、ブドウ畑と醸造所の改良、2つのヴィクトリア風の塔の建設、庭の場所転換などを行った。

1942年、シャトーは現在のオーナーであるボリー家のフランシスの手に渡り、現在はボリー家のブルーノ・ユジェーヌがシャトー代表を務めている。