マグドレーヌと名の付いた畑は複数存在していたが、19世紀の終わりにサンテミリオンの公証人だったジャン・シャトネが分地を統合したのがシャトー・マグドレーヌとなる。

その娘婿ジョージ・ジュリアンの手によって、シャトーの名声は高まり、1922年には、「フェレ」から【オーゾンヌ】【ベルエアー】と並び、サンテミリオンの三大ワインに選ばれている。

その跡継ぎのジャン・ジュリアンは、ワイン作りに関心を示さず、1952年、シャトー・マグドレーヌはリブルヌのワイン商ジャン・ピエール・ムエックス社の手に渡った。彼は五大シャトーをも凌ぐ評価となっている【ペトリュス】も所有している人物で、徹底的な改革を行った。

1955年にサンテミリオンのワインの格付けが行われ、11のシャトーがプルミエ・グラン・クリュ・クラッセとなり、シャトー・マグドレーヌもその中の一つに選ばれている。