シャトー・カノン・ラ・ガフリエールは、19世紀の頃には「ラ・ガフリエール・ボワタール（資料によってはカノン・ボワタール）」と呼ばれていた。これは当時の所有者であった陶器職人のボワタールの名前に由来したものだった。

その後、シャトーの所有権はペイロー医師の手に移ったという記録が残っている。

1953年、シャトーはサンテミリオン村の村長であったピエール・メイラの手に渡る。

1969年、シャトーが売りに出されると、ドイツの名家の一族であるジョセフ・ユベール・フォン・ナイペルグ伯爵が購入し、1983年に現在のオーナーであるステファン・フォン・ナイペルグがシャトーを引き継いだ。

その後、彼はシャトーの全面的な改革に乗り出し、品質の向上を目指した。1996年7月、当時はまだ無名であった醸造家のステファン・デュルノンクールを醸造責任者として採用し、品質を高めることに成功する。現在では、ステファンは複数のシャトーのコンサルタントとして活躍するようになり、彼の名前とともに、シャトーの名声は高まっている。